始建于1848年，是福建省内建院最早的西医医院，为英国皇家海军、英国领事馆合办的 海港医馆 ，1887年迁至现址易名为 塔亭医院 ；1956年定名为 福州市第二医院 ；1984年由福建省政府加挂 福建省福州中西医结合医院 ；1996年通过中西医结合三甲医院评审；2009年成为全国十家重点中西医结合医院之一。2023年5月15日成立医疗集团，整合福建省福州神经精神病防治院、福州市妇幼保健院组建 福州市第二总医院 。2024年12月通过综合性三甲医院评审。目前拥有2个国家级重点专科、12个省级重点专科，21个市级重点专科，21个市级质控中心，1个国家级学理、40个省、市学会挂靠单位。医院以骨科、康复、急救、精神和妇幼专科为特色，是全国首批国家骨科与运动康复临床医学研究中心核心单位、全省唯一国家卫健委骨科专项能力培训教学基地、国家卫健委加速康复外科骨科试点医院、国家卫健委医管所外科基础技能提升项目培训基地、中国创伤救治联盟创伤救治中心建设单位、国家级内科、外科、全科、精神科住院医师规范化培训基地、国家级中医及中医类别全科住院医师规范化培训基地、国家骨科医学中心保膝联盟首批成员单位；是福建省创伤骨科急救与康复临床医学研究中心、福建省骨科专科护士临床实践基地、福建省护理科普教育基地、福建省急诊专科护士临床教学基地；是福建医科大学外科学、内科学硕士研究生培养基地，福建中医药大学中西医结合临床医学博士、硕士研究生及骨伤硕士研究生培养基地；是福州市卫生应急指挥中心、福州市急救中心、福州市创伤医学中心、福州市神经医学中心、福州市临床检验中心、福州市骨伤康复中心、福建省精神卫生中心、福州市计划生育中心、福州市高危孕产妇管理中心、福州市儿童牙病防治中心的挂靠单位。医院连续五年在全国三级公立医院绩效考核中监测指标考核为A级，为公立医院高质量发展省级试点单位，荣获 全国卫生系统先进集体 福建省级文明单位 等荣誉称号。
